La secretaría de la Comisión de Investigación y Acusación de la Cámara de Representantes informó que ha enviado una notificación al historiador y escritor Francisco Hernando Muñoz sobre el inicio de una investigación preliminar contra el expresidente Juan Manuel Santos por su presunta participación en el proceso de búsqueda y ubicación de los restos del galeón San José hace ocho años.
La fiscalía general también recibió información y fue notificada sobre una denuncia que menciona a cinco personas, incluyendo a la exministra de Cultura Mariana Garcés Córdoba y al antropólogo Ernesto Montenegro Pérez, quien brinda asesoramiento al proyecto de intervención del galeón San José del gobierno del presidente Gustavo Petro.
La Veeduría Nacional del Patrimonio Cultural Sumergido (VNPCS) presentó una denuncia ante la Fiscalía en 2021, pero según el denunciante, el proceso aparentemente se estancó y no avanzó, ni en la Comisión de Investigación y Acusación ni en el organismo encargado de presentar acusaciones.